Las actividades en la EFPU se orientan principalmente a estudiar la influencia de la radiación solar en organismos acuáticos desde una perspectiva ecofisiológica. Asimismo, se realizan investigaciones acerca de los potenciales efectos del cambio global como el aumento de temperatura, el pH y el CO2 en estos organismos y sus relaciones alimentarias.
Los trabajos de investigación tienen un fuerte componente experimental e incluyen trabajos de campo in situ, en distintas latitudes, y de laboratorio bajo condiciones controladas.
Una de las líneas de investigación de la EFPU se refiere a la Ecología Animal, donde se estudian los organismos que actúan como consumidores y/o productores secundarios, incluyendo sus relaciones con el ambiente físico y sus potenciales predadores y alimento. Actualmente el foco está puesto en estudios con peces, zooplancton y zoobentos de ambientes marinos, salobres y de agua dulce.
Otra de las líneas de investigación comprende la Ecofisiología y Fotobiologíade Organismos Autótrofos Acuáticos, donde se estudian los efectos que tienen algunas variables asociadas al cambio global como la radiación ultravioleta, la temperatura y el aumento en la concentración de nutrientes en diversos procesos metabólicos de organismos fotosintéticos acuáticos, principalmente en fitoplancton.
